Морская школа
Спустя сто лет после масштабных сдвигов тектонических плит большая часть территории Японии оказалась под водой. Страна адаптировалась к новым условиям и превратилась в морское государство. На побережьях построены высокофункциональные города, а морские пути защищают специальные военные корабли. Морская индустрия активно развивается, и многие девушки стремятся вступить в ряды «Голубых русалок» — элитной группы женщин, посвятивших жизнь защите океана.
После долгой разлуки подруги детства Акэно Мисаки и Моэка Тина снова встречаются в женской морской старшей школе Йокосуки. К ним присоединяются другие ученицы, разделяющие их цель — стать «Голубыми русалками». Начинаются тренировочные учения, и Акэно с Моэкой получают под командование собственные корабли и экипажи. Акэно постепенно осваивается в роли капитана и налаживает отношения с командой на эсминце «Харекадзэ». Однако неожиданные отказы двигателей и навигационных систем оставляют судно в опасном положении. Сюжет аниме «High School Fleet» разворачивается вокруг попыток экипажа «Харекадзэ» преодолеть трудности в опасных водах и в конечном счёте стать полноценными «Голубыми русалками».