Записная книжка Бога

Наруми Фудзисима учится в старшей школе, но из-за частых переездов, связанных с работой отца, он не смог адаптироваться в коллективе и держится обособленно. Одноклассница Аяка Синодзаки заставляет его вступить в кружок садоводства. В ходе общения с ней Наруми знакомится с девушкой по имени Алиса, которая живёт изолированно над лапшичной «Ханамару», где Аяка работает неполный день. Алиса оказывается гениальным хакером и руководит частным детективным агентством. Все её профессиональные помощники называют себя «нитами» — людьми, не занятыми в системе образования, трудоустройства или профессиональной подготовки.

Наруми присоединяется к детективному агентству Алисы из-за личной связи с одним уголовным делом. Он оказывается вовлечён в опасные расследования, которые проводит разношёрстная группа детективов. Параллельно Наруми пытается отследить преступный синдикат, имеющий, по-видимому, таинственные связи с Алисой.