Девочка-волшебница Мадока★Волшебный фильм 3: История восстания

События разворачиваются в Митакихаре, где девушки-волшебницы ведут обычную жизнь, лишь изредка сражаясь с врагами. Хомра Акэми замечает, что в этой спокойной атмосфере есть нечто неестественное. Другие персонажи не осознают этого, но Хомра подозревает, что в их кругу присутствует тот, кого не должно существовать.

Фильм рассказывает о попытках Хомры разобраться в происходящем. Она стремится узнать правду о загадочных обстоятельствах, которые её окружают. В процессе она борется за свою любовь, и эта борьба становится финальной частью истории пяти девушек-волшебниц.