Исчезновение Юки Нагато

Скромная любительница книг и видеоигр Юки Нагато занимает пост президента литературного клуба старшей школы Кита. В клубе состоят только она, осторожная Риоко Асакура и совершенно обычный Кён. Юки ценит тишину и покой, которые разделяет с ними, особенно в компании Кёна, к которому испытывает симпатию. В их окружение также входят Цуруя и Микуру Асахина — две подруги с противоположными характерами, часто заглядывающие в клуб.

В холодный декабрьский день по пути домой Юки встречает девушку, которая пытается поймать Санта-Клауса и заставляет её рисовать странные символы на земле. Девушка представляется Харухи Судзумией — эксцентричной ученицей престижной академии Коёэн, которая ищет пришельцев, путешественников во времени и экстрасенсов. Когда Харухи и её друг Ицуки Коидзуми внезапно появляются в комнате клуба и объявляют себя официальными членами, Харухи занимает пост исполнительного президента. Спокойные дни литературного клуба заканчиваются: Юки и её друзья оказываются вовлечены в серию приключений под руководством Харухи, и каждое происшествие сближает Юки и Кёна.