Некий научный Рейлган

В Академии-сити, городе, где обучаются студенты, активно развиваются научные технологии и действует программа развития экстрасенсорных способностей. Среди семи эсперов «Уровня 5», самых сильных в городе, третье место занимает школьница Микото Мисака, управляющая электричеством и известная как «Рейлган».

В городе начинают происходить странные инциденты. Микото обнаруживает, что каждое из этих преступлений связано с таинственным устройством «Уровень-ап», которое якобы повышает уровень способностей пользователя. По мере развития событий выясняется, что за этим устройством скрывается нечто большее, а Академия-сити оказывается не столь идеальным местом, каким кажется. Сюжет сосредоточен на Микото, её друзьях и опасных ситуациях, в которые они попадают, расследуя дело «Уровень-апа».