Некий научный Рейлган S

Мисака Микото и её друзья возвращаются в Академию, чтобы расследовать слухи, распространяющиеся по городу. Вскоре Микото обнаруживает, что в городе проводятся жестокие эксперименты, включающие убийства тысяч экстрасенсов. Эти экстрасенсы оказываются клонами самой Микото. Считая себя ответственной за их судьбу, она решает остановить эксперименты. Однако противостоящие ей силы оказываются опаснее, чем она предполагала, и Микото сталкивается с одними из самых могущественных экстрасенсов.

Сюжет "Toaru Kagaku no Railgun S" продолжает историю Микото, которая отчаянно пытается прекратить бесчеловечные эксперименты, в которых она считает себя виновной. Это приводит её к глубокому отчаянию. В Академии постоянно происходят события, но не все из них оказываются приятными.