Некий научный Рейлган S: Все важнейшие открытия делаются во время купания

Главный герой, молодой человек по имени Синдзи, получает приглашение от отца, руководителя организации Nerv, и прибывает в Токио-3. Синдзи узнает, что его задача - пилотировать гигантский биомеханический робот Евангелион для защиты города от нападений таинственных существ, называемых Ангелами. Первоначально он неохотно соглашается, но после первого боя начинает постепенно втягиваться в конфликт. Сюжет сосредоточен на его попытках адаптироваться к новой роли и взаимодействиях с другими пилотами, включая Рей и Аску.

По мере развития событий раскрывается, что Ангелы и Евангелионы имеют общее происхождение, связанное с древними инопланетными сущностями, известными как Адамы и Лилит. Организация Nerv, под руководством Гэндо Икари, преследует скрытые цели, связанные с проектом "Инструментальность человечества", который предполагает слияние всех человеческих душ в единое целое. Финал сериала представляет собой внутреннее путешествие Синдзи, где он сталкивается с вопросами собственной идентичности и выбора между одиночеством и связью с другими людьми.